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Anche io ho incontrato il bug che azzera la tassonomia, quindi ho recuperato il backup e ho eseguito questa query:

UPDATE `term_node` AS t INNER JOIN `node` AS n ON t.nid=n.nid SET t.vid=n.vid

Grazie a http://drupal.org/node/569534#comment-2018056 per l'ispirazione, poi ho fatto a modo mio e mi sembra di aver fatto molto prima.

Il modulo basketurls non è compatibile con Drupal 5.x.
In attesa dell'aggiornamento è possibile scaricare la versione compatibile con Drupal 4.x da questa pagina.

Promemoria sul funzionamento della tassonomia.

Per selezionare un solo termine:
taxonomy/term/4

Per selezionare due termini (AND)
taxonomy/term/4,5

Per selezionare due termini (OR)
taxonomy/term/4+5